河道治理长期过程中会遇到多种挑战，包括以下几个方面：

1. 资金和时间投入：河道治理需要投入大量的资金和时间，包括人力、物力和财力。长期治理过程中，可能会遇到资金短缺、时间不足等问题，导致治理工作无法全面展开或进展缓慢。
2. 技术难度和复杂性：河道治理涉及多种工程技术，如水利工程、环境工程、土木工程等，需要综合应用各种工程技术。同时，河道治理还需要考虑生态原则，应用生态修复技术，这增加了技术难度和复杂性。
3. 管理和协调问题：河道治理涉及多个行政部门、地方政府和村镇，多部门间的沟通协调和职责划分往往充满挑战。此外，河道治理过程中，可能会面临人为破坏、违法排放等现象，这些都需要严格的管理和协调。
4. 社会经济因素：河道治理可能会涉及到拆迁、土地征收、贫困发展等社会经济问题，这些因素会增加河道治理过程中的压力和困难。同时，河道治理也会对当地经济发展带来一定的影响，需要平衡好各方面的利益。
5. 气候和自然灾害因素：在河道治理过程中，可能会面临洪涝、干旱、滑坡等自然灾害的影响。这些自然灾害会对河道治理工程造成破坏，影响整个项目的推进和效果。
6. 环境问题：水污染、生态环境破坏等环境问题会对河道治理带来更大挑战。在河道治理中，需要着力治理环境问题，确保水质提高、生态环境改善。
7. 项目周期长：河道治理工程周期长、范围广，很难在短时间内看到明显效果。且河道治理过程中，可能会受到各种不可预料因素的影响，需要耐心和持续的投入。

为应对这些挑战，需要加强政策支持、完善相关法律法规、加大投资力度、提高技术水平、优化管理体系、宣传环保意识等措施，综合改善河道生态环境，提高河道利用价值。同时，也需要建立科学合理的评价体系和机制，对河道治理工作进行科学评估和监督，确保治理工作的有效性和持续性。